Você está enganado. Nunca foi possível desativar isso por pasta.
A única coisa que você pode fazer é, se as pastas não estiverem ocultas, definir o atributo oculto de um arquivo para ocultá-las.
O motivo pelo qual você está vendo 2 arquivos desktop.ini é porque há a pasta da área de trabalho e a pasta de usuários públicos. A exclusão de ambos os arquivos não é algo que você não pode fazer, e provavelmente o da sua pasta voltará.
Se ambos voltarem, significa que alguns ícones localizados na pasta pública foram movidos fisicamente. Você pode mover todos esses ícones da pasta public desktop para a pasta desktop de todos os perfis, o que deve impedir que o segundo desktop.ini reapareça depois de excluí-lo.