Com base na descrição nos comentários, você pode fazer isso com qualquer distro que você possa inicializar a partir de outras mídias (drive USB, etc). Depois de obter acesso ao Windows FS, você pode adicionar o arquivo à pasta de itens de inicialização:
C: \ ProgramData \ Microsoft \ Windows \ Menu Iniciar \ Programas \ Inicialização
Eu não testei isso usando um .exe, mas imagino que funcionará bem. Se não, crie um atalho para esse arquivo e coloque o atalho lá.
Adicionando isso apenas no caso de você não saber como chegar à partição do Windows a partir de uma distribuição ao vivo do Linux, etc. - link
Basicamente, você só precisa montar a partição como uma pasta e entrar na pasta:)
Espero que isso ajude!