“linha 3: erro de sintaxe próximo ao token inesperado” em um shell script

Question

Estou tentando executar alguns executáveis com parâmetros várias vezes. Eu escrevi um roteiro para isso. Mas estou sempre recebendo um erro e não consigo descobrir como corrigi-lo.

#!/bin/bash

export VCF_FILE='KI_subsetted.recode.vcf'
for i in $(seq 22) do; /home/lab/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools --vcf $VCF_FILE --chr i --out ./by_chrs_komi/i --recode; done

O erro que estou recebendo é:

./chrs.sh: line 3: syntax error near unexpected token '/home/lab/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools'
./chrs.sh: line 3: 'for i in $(seq 22) do; /home/lab/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools --vcf ./KI_subsetted.recode.vcf --chr i --out ./by_chrs_komi/i --recode; done'

Estou no Ubuntu 15.10

    

Answer 1

tente

for i in $(seq 22) ; do /home/aydar/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools --vcf $VCF_FILE --chr $i --out ./by_chrs_komi/$i --recode; done

• ponto e vírgula ( ;) antes do
• se $i for um número, não há necessidade de cotações.

ou, estilo de programação e por sugestão

for i in {1..22}
do 
  /home/aydar/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools \
    --vcf $VCF_FILE --chr $i --out ./by_chrs_komi/$i --recode
done