Eu descobri como fazer isso com o AutoHotKey. Muito simples.
Crie um arquivo windows_hotkeys.ahk em algum lugar, com este código:
;map win+q and win+e to switch between virtual desktops.
#q::#^Left
#e::#^Right
;also, map win+w to open the "window overview" thingy (what win+tab does by default)
#w::#Tab
Salve e clique com o botão direito e "execute script".
Sobre o script:
:: é usado para mapear uma tecla de atalho para simplesmente acionar outra tecla de atalho.
; é um comentário.
# é a chave do Windows.
Tab é a tecla tab.
Left e Right são as teclas de seta para a esquerda e para a direita.