Para iniciar o comando em um diretório diferente
for /f "delims=" %d in ('dir c:\pathtostart /s /b /ad ^| sort /r') do rd "%d"
e altere c:\pathtostart conforme apropriado.
Para usar um arquivo em lotes
Como alternativa, crie um arquivo de lote RemoveEmptyDirs.cmd :
@echo off
for /f "delims=" %%d in ('dir %1 /s /b /ad ^| sort /r') do rd "%%d"
e ligue da seguinte forma:
RemoveEmptyDirs c:\pathtostart
Para testar antes de remover
Se você estiver hesitante, teste o que acontecerá e substitua rd por echo .
Isto irá ecoar a lista de diretórios que seriam removidos.
Quando você estiver satisfeito com a lista, substitua o echo por rd e execute a exclusão.