Você pode usar plink na linha de comando para executar comandos remotos. Coloque os comandos remotos em um arquivo como:
ls
cd ~/some/directory
echo "whatever"
Em seguida, execute plink:
C:\Program Files\Putty\plink.exe -ssh -l <username> -pw <password> <ip/url> -m \your\file\with\the\commands
Para enviar a saída do plink para um arquivo:
(C:\Program Files\Putty\plink.exe -ssh -l <username> -pw <password> <ip/url> -m \your\file\with\the\commands) >> logfile.txt 2>>&1