É seguro executar o Windows Update? Sim, mas a atualização do Windows pode nem funcionar totalmente.
O hack não é oficialmente suportado e algumas atualizações do Windows definitivamente falharão. Atualizações importantes como o Windows 8 a 8.1 falharão com certeza, mesmo se você não usar nenhum hacker de registro. Como a versão 8.1 será obrigatória para receber atualizações no futuro, você terá que desfazer em algum momento. Fonte
A melhor alternativa é deixar a pasta Usuários como está e mover as bibliotecas (Documents, Downloads, Music ...) para unidades diferentes. A maneira oficialmente suportada é clicar com o botão direito do mouse nas pastas e especificar o novo local na guia Localização. Esta página dá um passo a passo de como fazer isso.