Experimente o clonezilla, um SO live criado para copiar sistemas de arquivos ou dispositivos brutos (partição ou disco inteiro). Você terá que anexar os dois discos ao mesmo tempo (mas você sabia disso), e você pode querer desligar quaisquer outras unidades do seu sistema para evitar acidentes. O Clonezilla é gratuito, roda em muitas arquiteturas e não demora muito para ser baixado, então deve ser uma boa opção para o seu cenário. link