Sim, você pode e deve usar o Robocopy para isso.
robocopy c:\folder1 c:\folder2 \mir
Certificar-se-á de que ambas as pastas são idênticas, incluindo as subpastas. Também removerá arquivos que foram apagados.
Existem muitas outras opções, incluindo a possibilidade de ver as pastas em busca de alterações, tentar novamente se os arquivos estiverem bloqueados e assim por diante.