Assumindo que o Windows 8.1 funcione como o Windows 7, você pode ir ao diretório raiz e procurar por * para localizar todos os arquivos. Isso deve listar todos os arquivos em todos os subdiretórios em um único local. Você pode então selecionar todos os arquivos e movê-los para onde você quiser.
Uma maneira possivelmente melhor, se você estiver confortável com a linha de comando, é criar um script em lote para percorrer recursivamente os diretórios e copiar os arquivos. Algo como isso deve funcionar (aviso justo: eu não testei, então você provavelmente vai querer fazer um backup primeiro, se possível):
for /F %%A in ('dir /b /s /a-d ROOT\DIRECTORY') do copy %%A DESTINATION\PATH
Substitua ROOT\DIRECTORY pelo caminho da pasta raiz e DESTINATION\PATH por onde você deseja que os arquivos sejam finalizados. Você também pode simplesmente digitar o loop for na linha de comando (em vez de colocá-lo em um arquivo .bat), mas se usar, use %A em vez de %%A .
O loop for acima chama basicamente dir para listar todos os arquivos sob o diretório raiz e, em seguida, para cada entrada, chama copy para copiá-los para o diretório de destino.
Uma explicação das opções de dir:
/b : imprime apenas o nome e o caminho do arquivo e nenhum dos itens de cabeçalho / rodapé
/s : faz recursivamente percorrer cada um dos subdiretórios
/a-d : faz com que não imprima diretórios, então apenas os arquivos são listados (caso contrário, ele tentaria copiar cada um dos diretórios para o destino)
Digitar dir /? , for /? ou copy /? na linha de comando informará mais sobre o uso se você estiver interessado.