Eu me deparei com exatamente o mesmo problema com o tema jellybeans
. Levei um tempo e voltei aqui para responder sua pergunta para referência futura.
hi Normal
mudará apenas as cores da área de texto, para mudar o fundo da área de texto vazia que você usa hi NonText guibg=#color ctermbg=#color
.
Por exemplo, eu queria me livrar da cor do plano de fundo já que estou usando um terminal de plano de fundo semitransparente, então usei hi NonText ctermbg=NONE
e resolvi isso.