Eu me deparei com exatamente o mesmo problema com o tema jellybeans . Levei um tempo e voltei aqui para responder sua pergunta para referência futura.
hi Normal mudará apenas as cores da área de texto, para mudar o fundo da área de texto vazia que você usa hi NonText guibg=#color ctermbg=#color .
Por exemplo, eu queria me livrar da cor do plano de fundo já que estou usando um terminal de plano de fundo semitransparente, então usei hi NonText ctermbg=NONE e resolvi isso.