Consegui encontrar uma correção para o problema. A seguinte resposta é para o Thunderbird 17.0.6 no Ubuntu, mas também pode funcionar em outras versões / sistemas operacionais:
- Cancelar inscrição das pastas problemáticas em que o erro ocorre
- Comprimir / condensar suas pastas
- Reinscreva-se em suas pastas (você pode pressionar espaço para selecionar todas as pastas visíveis e marcadas)