O ulimit altera os limites dos programas em execução? São seus recursos específicos que não podem ser alterados em tempo de execução? Se ulimit não alterar os limites no tempo de execução, isso significa que você precisa reiniciar todos os daemons para trabalhar com os novos limites especificados?
Correto, o comando ulimit não altera os limites dos programas em execução, tanto quanto eu sei. Você pode no entanto chamar set_rlimit e amigos de um programa em execução. Você também pode querer olhar para coisas de controle de recursos, man rctl , mas isso requer reconstruir seu kernel.
Você pode limitar os recursos para um daemon usando ulimit (ou limite, dependendo do shell), ou você pode configurá-los usando /etc/login.conf (daí a conta do usuário por tipo de daemon).
Após atualizar /etc/login.conf , siga as etapas na parte superior do arquivo para gerar novamente a versão db do arquivo. Em seguida, reinicie o daemon, supondo que o daemon mude a conta do usuário.