Você pode usar o comando indent-rigidly
para fazer isso. No entanto, não recomendo desabilitar a ligação padrão TAB do modo markdown, já que faz muito mais do que indenting (por exemplo, ciclos de visibilidade quando o ponto está em uma linha de cabeçalho)
Por exemplo, coloque isso no seu arquivo de inicialização para ligar C-TAB ao recuo rígido:
(eval-after-load "markdown-mode"
'(define-key markdown-mode-map (kbd "C-<tab>")
(lambda ()
(interactive)
(indent-rigidly (region-beginning) (region-end) 4))))