Use a opção -xr0 com um curinga:
7za x my.zip -xr0!\*/FileHeader.csv -xr0!\*.pdf
Explicação: -x funciona apenas em nomes de arquivo por padrão e não oferece suporte à recursão . -xr0 operará em subdiretórios ( r ) e permitirá o uso de caracteres curinga nesses (%código%).