Embora seja possível fazer essa coisa antinatural você está pedindo (ou seja, executar novamente entrega local dovecot em mensagens em uma pasta Maildir para forçar o reprocessamento dessas mensagens por Sieve), a "abordagem elegante" seria se livrar de popfile completamente e substituindo-o spamassassin para scripts de detecção de spam e Sieve para o resto de suas regras de classificação.
Se você insistir em reenviar uma mensagem, o comando é:
/usr/lib/dovecot/deliver -d <mailbox_name> -p <path_to_the_message_file>
entregar novamente todas as mensagens na pasta IMAP "filtrada" de usuário "john":
find /home/john/Maildir/.Filtered/cur/ -type f -exec /usr/lib/dovecot/deliver -d john -p {} \;