O caractere de escape de propósito geral no Prompt de Comando do Windows - o análogo de \ no restante do universo - é caret ( ^ ). Experimente " ^%cd^% ".
(Editar)
... e depois,
echo %1 > temp.bat call temp.bat del temp.bat
Sim, é terrivelmente feio e realmente deveria haver uma maneira melhor. Bem, não consigo encontrar.