Tudo é possível implementar:)
Esta solução pode ser considerada avançada, pois requer programação, por exemplo, em C ++ ou C # ( aqui um bom artigo como fazê-lo em C #).
Eu não posso postar mais de dois hiperlinks, então você terá que obter documentação para cada função por conta própria (apenas procure por ela no MSDN).
Para o seu problema, você teria que usar o WinAPI para:
- enumerar monitores usando a função EnumDisplayMonitors
- enumerar todas as janelas de nível superior usando a função EnumWindows
- correspondem a monitores com janelas usando a função MonitorFromWindow
- determine quais janelas devem minimizar
- envia a mensagem WM_SYSCOMMAND com valor SC_MINIMIZE para janelas apropriadas usando a função SendMessage