Sim, você pode.
Você só precisa escolher onde instalar o gerenciador de inicialização no processo de instalação. Fique atento para onde está montada sua mídia (por exemplo / dev / sdc1) e marcá-lo escolhendo opções 'avançadas' antes de confirmar, quando a tela mostra o currículo das informações, onde o novo sistema será, e outras coisas . Algo parecido com essas imagens em este link em português.
Ou, se você já tiver um sistema em execução, altere o local e reinstale-o. Há muita informação sobre como fazer isso.
Minha irmã tem um laptop rodando windows, e às vezes eu peguei emprestado para fazer alguma coisa. Pediu-lhe para instalar uma partição Linux em seu disco e ela não queria por causa do bootloader antes do Windows iniciar, e estava com medo de qualquer problema com seus próprios dados. Então eu fiz um pequeno espaço no disco dela e instalei o Ubuntu. Nas configurações de instalação eu fiz o que eu expliquei: com um cabo USB conectado, escolha sua localização para instalação e terminação do gerenciador de inicialização.
Então eu mudei as opções de inicialização na configuração do pc, dizendo que o computador tenta inicializar primeiro pelo usb, depois pelo HDD.
Quando meu usb está conectado, o gerenciador de inicialização funciona e inicia o Ubuntu, quando não está conectado, o Windows inicia e nem sabe nada sobre a existência do Linux. (:
Espero que ajude, desculpe com qualquer inglês ruim.