Eu não recebi nenhum feedback sobre o meu problema e os volumes NTFS. No entanto, eu consegui contornar isso simplesmente fazendo com que o usuário do Ubuntu que efetuasse login fosse o usuário complexo. Dessa forma, quando as unidades são montadas como o usuário do sistema padrão, o usuário plex tem permissão. Eu simplesmente reinstalei o Ubuntu neste computador com uma instalação simples e pequena área de cobertura para a instalação do meu servidor de mídia.
Não tenho certeza se isso funcionará para outras pessoas com um problema semelhante, mas isso me causou problemas por enquanto.