Estou assumindo que você instalou o Windows 8 em uma configuração de inicialização dupla com o Windows 7, já que vi o que você descreve quando uma configuração de inicialização dupla é usada.
Assegure-se de que o Windows 8 esteja configurado para fazer um desligamento COMPLETO e não entrar em Hibernação ou Suspensão Híbrida (acredito que esteja sendo chamado de "Inicialização Rápida" na última versão ou duas das visualizações do Win 8).
O uso de hibernação ou suspensão híbrida deixará (o) o disco marcado como sujo, pois não será totalmente desmontado ao desligar usando (uma variação de) hibernação.
Acredito que essas configurações podem ser verificadas / ajustadas em "Opções de energia / Configurações do sistema".