A execução do PDFtk no Amazon Linux é possível. Eu escrevi uma postagem no blog sobre a execução do PDFtk no AWS Lambda, que é executado no Amazon Linux: link .
Deve ser perfeitamente possível usar o binário que eu compilei junto com o libgcj.so para executar o PDFtk em um Amazon Linux EC2. A biblioteca binária e compartilhada neste repositório deve funcionar para você: link
Atualizar
As etapas básicas para executar o PDFtk no Amazon Linux são compilá-lo a partir do Source no CentOS 6 e copiar o pdftk binary e libgcj.so.10 (normalmente localizado em /usr/lib64/ em sua máquina Amazon Linux.
Coloque o binário em um diretório em PATH e libgcj.so.10 em um diretório em LD_LIBRARY_PATH , para que o sistema saiba onde encontrá-los.
Como alternativa, você pode executar o binário diretamente:
LD_LIBRARY_PATH=/path/to/libgcj.so.10 /path/to/pdftk --version
Você pode pular a etapa de compilação usando a biblioteca binária e compartilhada no diretório bin/ do projeto do Github com o qual eu fiz o link acima.