envie um SIGCONT ou SIGALRM para garantir que o programa esteja sendo executado em segundo plano. Acho que o kernel está suspendendo o processo.
$ killall -s SIGCONT PROG_NAME
ou
$ kill -SIGCONT PROG_PID
Também, por favor, verifique sua opção de energia e certifique-se de que o sistema não está dormindo.
PS: você pode gerá-lo como processo $./PROG &
para garantir que não seja um problema terminal OU enviar a saída para o arquivo para deixar o buffer feliz $./PROG > output.txt