Por favor, não execute as coisas como root, especialmente programas Java. Se você realmente precisa de recursos-raiz, como ouvir < 1024 porta, em seguida, use um programa separado para isso, como o apache e entregar a comunicação para o seu arquivo java através de sockets ou outra porta.
Você pode colocar coisas em ~ / .xinitrc de um usuário para rodar quando o servidor Xorg (gui screen) for iniciado. Veja também se você tem /etc/X11/Xsession.d/startup-local e coloque o script de execução lá.