Se eu entendi corretamente, você tem um mal entendido de como o iptables funciona.
As regras de firewall são carregadas na memória e estão sendo usadas pelo netfilter - o recurso de rede do kernel. iptables
- é apenas uma ferramenta de linha de comando que pode acessar as regras do netfilter e modificá-las. Depois de ter definido o seu firewall corretamente, você pode apenas
/etc/init.d/iptables save
E o sistema salvará o estado do firewall no disco rígido. No sistema de inicialização irá restaurar essas configurações. Ou seja você não precisa preparar nenhum script de inicialização do firewall, essa é uma maneira muito antiga de fazer as coisas.