Essa pergunta foi bem abordada na comunidade AskUbuntu, onde você tem duas boas respostas aqui:
Embora eu não tenha uma configuração multimonitor, é verdade que o Ubuntu 11.04 e o Ubuntu 11.10 melhoraram bastante o suporte do multimonitor , então você não deve ter problemas para obter uma boa configuração de monitor duplo da sua placa gráfica ATI ou NVIDIA.
Eu prefiro NVIDIA: drivers Nouveau são bons, mas seus drivers proprietários são realmente bons se você quiser aproveitar o suporte 3D. Minha experiência com as GPUs AMD / ATI não tem sido tão boa, embora o suporte aos drivers Open Source seja fantástico. De alguma forma, isso não se materializou em drivers de código aberto realmente bons no momento.
De qualquer forma, qualquer cartão moderno funcionará bem no Ubuntu com certeza, ainda melhor com drivers proprietários se você não tiver problemas com blobs binários.