(nota: a solução foi encontrada nos comentários da pergunta, esta é uma versão editada e provavelmente não é uma resposta "real" pelos padrões da SU)
O NetBeans não usa seu próprio tempo de execução, em vez disso, ele usa o tempo de execução atualmente ativo em sua máquina.
O NetBeans 7.0 não funciona com o Java SE 5, ele precisa do Java SE 6. Se o NetBeans funcionar, significa que você tem o Java SE 6 instalado no seu Mac.
Como java -version
diz que o Java SE padrão é o Java SE 5, você terá que iniciar o /Applications/Utilities/Java Preferences.app
, ele mostra quais versões do Java estão disponíveis e ativas.
Há uma pequena nota na lista de tempos de execução disponíveis que diz "Arrastar para alterar a ordem preferida". Você deve inverter a ordem dos dois primeiros itens ou, se tiver certeza de que não haverá efeitos colaterais, desmarque os dois Java SE 5.
Após terminar, digitar java -version
em uma nova janela de terminal deve mostrar que você roda o Java SE 6. Após o relançamento do TextMate, o ⌘ R funciona?
Se não, o problema pode vir do pacote Java e você terá que procurar por alguma referência hardlinked ou hardcoded ao antigo Java SE.