No final, o problema foi corrigido com a exclusão de panacea.dat
da pasta de perfil e de todos os arquivos .msf
de suas subpastas. Estes são apenas arquivos de cache, e depois de apagá-los, o Thunderbird os reconstruirá automaticamente (pode levar algum tempo, especialmente com pastas IMAP, pois os dados do cabeçalho da mensagem precisam ser baixados).
Essa solução ainda manteve a seleção de pasta especial que eu tinha na minha caixa de entrada unificada.
Eu encontrei as instruções deste artigo: Pastas fantasmas