Se esta é a única partição neste drive USB, não importa se limparmos todo o dispositivo. Se isso for verdade, você poderá criar uma nova tabela de partições usando o fdisk no dispositivo. Depois de criar uma nova tabela de partições, crie uma nova partição fat32 (se for armazenamento baseado em flash e você quiser interoperabilidade entre SO). Se este for um HDD baseado em bandeja, basta escolher o sistema de arquivos que funciona para você.
Aqui estão algumas instruções básicas sobre o fdisk: Exemplo do FDISK no Ubuntu
As instruções podem ser ajustadas aos seus usos. Certifique-se de selecionar 'o' para criar a nova tabela de partições. Isso limpará as referências às partições anteriores e, em seguida, você poderá simplesmente reformatar o disco inteiro como qualquer outro sistema de arquivos adequado para você. Deixe-me saber se você tiver dificuldades ou se a criação de uma nova tabela de partição falhar por algum motivo.
SÓ faça isso se não se importar de formatar o dispositivo inteiro (como um pen drive). Se esta é uma partição em um disco rígido real, então você poderia tentar excluir e criar uma nova partição com fdisk e também poderia tentar fazer tudo isso a partir de um LiveCD (caso haja alguma configuração em algum lugar do sistema operacional que esteja impedindo isso) .