Ajustar cores em arquivos PDF é uma tarefa bastante difícil. Não há um equivalente do Photoshop. Sua melhor aposta é obter uma cópia do Acrobat e um plug-in chamado PitStop Professional . Não será barato, mas, como eu disse, não é uma tarefa fácil e você não encontrará programas gratuitos ou baratos que estejam perto de fazer o que você está tentando realizar.
Para uma cartilha sobre PDF e cores, há vários artigos sobre cor PDF no Planet PDF que você pode ler.