Por que você está usando o governador do espaço de usuário? De acordo com a documentação do kernel Linux ( Documentation/cpu-freq/governors.txt
no código-fonte do kernel:
The CPUfreq governor "userspace" allows the user, or any userspace program running with UID "root", to set the CPU to a specific frequency [...]
IMHO isso também implica que a freqüência da CPU não se adaptará à carga quando este regulador for selecionado. Eu sugiro que você mude para o governador "ondemand" ou "conservative" e veja o que acontece quando a CPU está sob carga. Espero que isso resolva seu problema.