Talvez você tenha um problema de propriedade?
Clique com o botão direito do mouse em Propriedades em uma pasta problemática. Vá para a guia Segurança e clique em "Avançado". Vá até a guia do proprietário e veja quem está listado como proprietário. Para alterar, clique em "Editar ..." e tente alterar o proprietário para si mesmo. (não se esqueça de marcar a caixa de seleção sobre como substituir os subdiretórios também).