O BIOS da placa-mãe não detectará o cartão externo - ele não sabe nada sobre eles. A placa RAID tem seu próprio BIOS, estou supondo que com a placa instalada, você verá uma nova tela onde mostra as unidades SATA conectadas. Esse é o BIOS da placa.
Você precisará configurar o BIOS da placa-mãe para inicializar a partir do SCSI. Sim, suas unidades não são SCSI, essa configuração é realmente um atalho para inicializar a partir do cartão externo. As placas SCSI contêm seu próprio BIOS e gerenciam a inicialização, assim como sua placa SATA.