Tente editar o registro. Certifique-se de abrir o editor de registro de 64 bits . (você tem que fechar o primeiro de 32 bits).
Vá para a chave de registro HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\http\shell\open\command
e defina o valor (Padrão) para o caminho (do ponto de vista de 64 bits) do IE de 32 bits, que pode ser "C:\Program Files(x86)\Internet Explorer\IEXPLORE.EXE" -nohome
(o "-nohome" é uma opção de linha de comando que minha cópia do IE8 adiciona a este valor)
Você pode querer fazer o mesmo para as classes https
e mesmo htmlfile
se quiser clicar duas vezes nos arquivos HTML e abri-los no IE de 32 bits.
Tudo isso não ajudará se um aplicativo de 64 bits executar iexplore.exe
diretamente, em vez de lançar um URL. (na verdade, não testei minha sugestão porque não tenho o Windows de 64 bits. No entanto, pode funcionar)