É POSSÍVEL (mas não muito provável) que se você estiver usando um programa muito antigo (não parece que você é, mas eu imaginei que eu mencionaria a possibilidade de qualquer maneira) que o seu programa está usando recursos. se você abrir a pasta .app e procurar, se vir e arquivos .rsrc, estiver usando recursos.
O problema com os recursos é que, antigamente, os arquivos mac tinham duas partes, ou "forks", a bifurcação de dados, que é a parte visível e normal, e a bifurcação de recurso que você não podia ver normalmente. Nenhum outro sistema (que eu saiba) tem uma bifurcação de recursos, então quando você copia arquivos com uma bifurcação de recursos para um PC, você apenas perde essa parte do arquivo, e tudo quebra.
Se você está copiando isso para o PC como uma estação de caminho (e por que mais você estaria fazendo isso?) e planeja copiá-lo de volta para um mac, a sugestão de Kio de fechar a pasta .app é boa , O recurso de compactação do Mac compacta os rsrc e os garfos de dados e tudo deve ficar visível para o PC.