A desfragmentação não deve ser uma preocupação, pois o dispositivo Windows Mobile não usa uma unidade de disco com partes móveis. A memória flash não deve estar sujeita aos tipos de problemas de desempenho que existem em discos rígidos fragmentados. Sugiro fazer o backup do dispositivo e recarregá-lo após uma reinicialização a frio. (restaurar dados para a maioria dos sistemas tem o efeito líquido de desfragmentá-los).