A resposta curta é que você não pode. O Nautilus não é construído para permitir esse tipo de coisa e você pode passar pelo código-fonte do nautilus e examinar as seções de cópia / movimentação de arquivos para ver como ele funciona.
Parte dessa falta de integração foi a motivação por trás do desenho do indicador de progresso. Ele substitui a janela de progresso do nautilus e várias outras inconsistências de progresso e permite que vários programas mostrem seu progresso para o usuário da mesma maneira:
Mais trabalho e defesa para esses novos projetos ajudariam, permitindo a integração de todos os tipos de ferramentas.