Este é um problema apenas em máquinas virtuais EC2 "para-virtualizadas". Em tais sistemas, o kernel precisa ser corrigido para poder rodar na configuração padrão do Xen DomU (que é PV). Por isso, "ec2 kernels", que você não pode substituir em uma máquina PV, porque isso quebraria seu sistema.
A AWS mudou desde que preferiu o HVM (Hardware Virtual Machine, que é o termo Xen para virtualizar o acesso a dispositivos de hardware usando um hardware IOMMU, permitindo que os drivers nativos da máquina virtual acessem diretamente o hardware), então eles pararam de trabalhar para atualizar os kernels específicos do EC2, e você deve ser capaz de usar qualquer kernel em uma máquina virtual HVM.