Os aplicativos Java em geral não são suportados pelo HUD, mas você pode fazê-lo funcionar. Tudo o que você precisa fazer é remover o eclipse da lista negra do menu App de acordo com este post: link
1) Para obter o Ubuntu AppMenu (menu global) e o suporte a HUD para o Eclipse IDE, teremos que criá-lo na lista de permissões para que possamos modificar o arquivo GTK2 libappmenu.so.
Para descobrir o caminho exato do GTK2 libappmenu.so (o caminho pode variar dependendo da versão do Ubuntu que você está usando e da arquitetura), primeiro execute o seguinte comando:
sudo updatedb
Assim que terminar (não há saída, aguarde até que esteja pronto), vamos encontrar o caminho libcpmenu.so do GTK2 usando o seguinte comando:
locate "gtk-2.0/2.10.0/menuproxies/libappmenu.so"
O comando acima deve retornar o caminho exato da libKP2 de GTK2.
2) Vamos fazer um backup antes de continuar, então, usando o caminho retornado pelo comando acima, execute o seguinte comando:
sudo cp /path/to/gtk-2.0/2.10.0/menuproxies/libappmenu.so /path/to/gtk-2.0/2.10.0/menuproxies/libappmenu.so.bak
3) Agora vamos whielist Eclipse para que ele apóie AppMenu e HUD:
sudo sed -i 's/Eclipse/Xclipse/g' /path/to/gtk-2.0/2.10.0/menuproxies/libappmenu.so
E, em seguida, reinicie o Eclipse IDE.
Para o último dos comandos acima, lembre-se de usar o caminho exato para o libappmenu GtK2. Assim você encontrou no passo 1!
Se mais tarde você quiser desabilitar o suporte a appmenu / HUD para o Eclipse IDE (desfaça as alterações), basta seguir a primeira etapa acima para descobrir o caminho libcpmenu.so do GTK2 e restaurar o backup que fizemos na etapa 2 usando este comando:
sudo cp /path/to/gtk-2.0/2.10.0/menuproxies/libappmenu.so.bak /path/to/gtk-2.0/2.10.0/menuproxies/libappmenu.so