Você pode tentar copiar os arquivos que mantêm as configurações locais do Dropbox, que estão localizadas no diretório "appdata" local, ou seja, aqui: %APPDATA%\..\Local\Dropbox\
(consulte isto para mais informações).
Os próprios arquivos parecem ser bancos de dados SQL criptografados, por isso duvido que você possa visualizá-los ou alterá-los apenas para as configurações seletivas de sincronização, mas pode tentar copiar tudo e depois alterar as configurações que você não gosta de volta para o que eram.
Apenas certifique-se de fazer backup de seus arquivos existentes antes de fazer a substituição (e, é claro, saia do aplicativo Dropbox e de todos os outros processos que ele possa ter aberto antes de fazer isso).