O VLC e o MPlayer usam ambos os codecs FFmpeg (+ alguns outros) para reproduzir mídia, mas não os gstreamer (como o fluendo-mp3). No meu entender, isso não pode ser alterado por argumentos ou configurações, pois não foi implementado.
Para ter certeza de que você está usando, digamos, o decodificador fluendo mp3 (flump3dec), use uma linha de comando similar a esta:
gst-launch-0.10 filesrc location=file.mp3 ! flump3dec ! audioconvert ! pulsesink
Outro software pode fornecer uma maneira de inspecionar quais elementos do gstreamer ele está usando para operações de mídia.
(Para aumentar a confusão, também é possível usar o FFmpeg através do gstreamer, mas não é o que você quer.)