hmm eu não uso cisco vpn, mas talvez desde o seu se parece estranho que ele não funciona mesmo que ele afirme que a vpn está funcionando.
você poderia comparar as tabelas de roteamento ao se conectar através do terminal vs gui?
apenas digite route -n no terminal
se eles diferirem cole-os aqui.
Outra coisa a verificar, e as permissões para certificados, etc.? Tenho notado que o openvpn, pelo menos, se recusa a trabalhar a partir do applet se as permissões são "soltas" em comparação com se eu executar o vpn do terminal