Há um ótimo guia passo-a-passo aqui que eu usei para implantar o GeoServer no Ubuntu Server 10.10:
http://www.nabisoft.com/tutorials/glassfish/installing-glassfish-301-on-ubuntu
Abrange a ativação do repositório Canonical Partners para instalar o Sun JDK, instalar o GlassFish e criar scripts init.d para inicializar o servidor na inicialização. Ele também fornece conselhos detalhados sobre como proteger o servidor.