Ok, os desenvolvedores de vim negaram , que guifont
deve ter algum efeito na fonte usada por alguns aspectos da Interface Gráfica do Usuário, mas não os outros. Eu não entendo muito bem, onde a linha é desenhada e por quê, mas é, o que é.
Quanto aos recursos do X11, eles realmente são documentados . Meu ~/.Xdefaults
agora tem:
Vim*font: -*-serene-*-r-*-*-*-180-*-*-*-*-koi8-o
e as janelas pop-up do Vim usam a fonte.
(Dica: você não precisa reiniciar depois de editar o arquivo Xdefaults - apenas executar xrdb < ~/.Xdefaults
normalmente é suficiente.)