Você sempre pode instalar diferentes versões do Python, elas coexistirão felizes, apenas certifique-se de não substituir o local padrão (ou seja, escolha um diretório raiz de instalação diferente).
Para uso geral, verifique se os antigos geralmente não estão em seu PATH.
Quando você precisar testar o desenvolvimento do GAE, adicione o caminho à versão 2.5 e ao diretório-raiz do GAE na frente de seu PATH e você está configurado. Para que isso seja conveniente, criei uma função (poderia ser um alias) no meu .bashrc
para alterar minha variável PATH. Funciona como um encanto.
function add_path
{
(echo $PATH | fgrep "$1" >/dev/null) || export PATH="$1:$PATH"
}
function gae
{
GAE="(G)"
add_path /usr/local/share/Python-2.5.5/
add_path /usr/local/share/google_appengine/
}
É claro que os locais podem ser diferentes no seu sistema.
Eu uso a variável GAE no meu PS1 para saber quando usei essa função - e tenho um lembrete visual para dizer que estou definido para o GAE (por exemplo, uso a versão antiga do Python).