No caso específico de um objeto de equação, uma solução seria incluir a pontuação dentro da equação. Para que a pontuação apareça como texto normal, você pode ir para a guia Equation
quando tiver seu objeto de equação selecionado e selecione Normal Text
antes de digitar a pontuação na equação.
No entanto, em geral, não há realmente uma opção para alinhar a pontuação para ser acoplada ao objeto que a precedeu.