Encontrei uma resposta para minha própria pergunta.
O Clonezilla não funcionará (erro "No input device!") ao tentar clonar uma unidade do conjunto RAID5 mais provavelmente porque o Clonezilla espera que pelo menos algum MBR ou GPT esteja lá, mesmo quando um seleciona dd como ferramenta de clonagem . Porque no clonezilla.log a última entrada é "Procurando dados / swap / partições estendidas".
Então eu entrei em um prompt de comando do Linux no Clonezilla Live CD, e comecei a clonar para uma imagem usando o "dd". Os comandos que eu usei (tive que procurar no Google um pouco):
mkdir /media/img # a mount point to store the images
sudo mount /dev/sda1 /media/img #/the drive where I'm writing the images to
sudo dd if=/dev/sdb conv=sync,noerror bs=64K status=progress >/media/img/xxx #/dev/sdb is the drive to be cloned, xxx is the name of the image
Repetir isso para cada unidade no RAID deve me dar uma imagem exata de cada uma.
O próximo passo agora será tentar converter um Dell PERC 5i (em um antigo PowerEdge 2900 que eu tinha por aí) em um LSI MegaRAID SAS 8480E, exibindo-o com esse firmware, e então espero e rezo para que ele seja importe o RAID5 existente quando eu inserir essas unidades nele ... Se isso acontecer, instale o ESXi nele e meu amigo deve estar de volta aos negócios. Se não houver mais surpresas.