Usando o Notepad ++, pode simplesmente tentar UNDO
? (Tenho certeza de que essa é a primeira coisa que você tentou).
Se não, receio que, a menos que você tenha backups de sistemas de arquivos em algum lugar , você tenha basicamente aplicado um filtro sem perdas a todos esses arquivos;
Não haveria como recuperar o que foi perdido; como os blocos no disco já foram sobrescritos pelos novos dados alterados de cada arquivo.
Prevenção Futura
No Windows (7e acima), a Microsoft implementou um serviço chamado Histórico de Arquivos, que irá rastrear e permitir que você faça alterações individuais em cada arquivo. Isso precisa ser ativado por diretório / dispositivo de bloco.