Como você está usando duas mídias físicas distintas, uma para cada SO, você pode simplesmente usar as opções do BIOS para alternar a ordem de inicialização: o computador primeiro tenta inicializar no SSD, depois no HDD ou vice-versa. (Usuário acejavelin já sugeriu isso.)
Se você ainda quiser que um menu de inicialização apareça quando o computador iniciar e usar o gerenciador de inicialização do Windows, o procedimento dependerá de qual versão do Windows você está usando.
Com o Windows XP (e versões anteriores) você precisa clonar o setor de inicialização do Ubuntu em um arquivo, colocar esse arquivo no sistema de arquivos do Windows e adicionar uma linha de texto para chamar esse arquivo em C: \ boot.ini.
No Windows Vista, você precisa usar o utilitário Bcdedit da linha de comando nativa.
Você também pode ouvir sobre o popular software EasyBCD de terceiros, que oferece uma interface gráfica.
No entanto, um problema que eu observo com o Ubuntu 16.04 é que no final do procedimento de instalação, o instalador não me deixa instalar o Grub em outro local que não o MBR, normalmente a partição /. A esse respeito, alguns instaladores de outras distribuições oferecem mais flexibilidade.