Parece que você tem feito sua pesquisa. Você provavelmente sabe mais do que eu escrevi aqui, mas vou ser minucioso para as pessoas que vêm procurando por respostas semelhantes.
Se você deseja que alguns aplicativos no Windows sejam executados rapidamente, recomendo instalar um novo Windows no SSD para poder configurar o particionamento apropriado para o novo disco (geralmente os SSDs são de tamanhos diferentes dos HDDs). O sistema operacional e seus aplicativos só serão executados tão rápido quanto o disco rígido e a memória RAM permitirem, por isso, asseguraria que todo o Windows esteja no único SSD.
Uma instalação limpa é sempre uma boa ideia, mas certamente não é crítica, já que você acabou de fazer uma reinstalação. Eu tive SSDs em laptops da minha família nos últimos dois anos e estamos muito felizes com eles. O desgaste ocorre muito mais rapidamente ao girar discos rígidos, porque eles têm partes móveis (frágeis) cuidadosamente equilibradas entre poderosos ímãs. Os SSDs não têm partes móveis, por isso usam menos energia, devem ficar mais frios e têm menor probabilidade de apresentar falhas relacionadas ao movimento. Mesmo os SSDs não estão imunes a falhas, por isso é uma boa ideia ter backups externos, como você está pensando.
Se você estiver usando uma área de trabalho que possa comportar os dois discos rígidos, eu provavelmente apagaria a unidade antiga depois de instalar ou clonar a nova. Em seguida, você pode configurar backups com espaço eficiente, imagens de máquina de recuperação ou partições para as várias distribuições do Linux que você deseja usar. Se você estiver usando o disco para um sistema operacional que você usa regularmente, no entanto, não planeje para backups. Ele provavelmente morrerá antes do seu SSD. Se você tiver necessidade de uma segunda máquina Windows instantânea, então armazene a unidade desligada no estado atual e use o novo SSD para suas distribuições Linux. HDDs giratórios são relativamente baratos, então você pode adquirir outro para Linux se tiver espaço suficiente no seu caso.
BTW, se sua distro Linux estiver instalada em um segundo disco rígido, você poderá instalar diretamente no segundo disco rígido e não ter que passar pelos obstáculos normais de configurar as partições do Windows para criar espaço para o Linux. Seu BIOS deve ser capaz de detectar dois discos de inicialização diferentes. Seu gerenciador de inicialização (GRUB2, provavelmente) deve permitir que você escolha qual deles deseja inicializar e configure um padrão para inicializar.